Contact
Dr. Richard Finkers
+31 317 484165
richard.finkers AT wur.nl
Dr. Sander Peters
+31 317 4841123
sander.peters AT wur.nl
»  more Contact

150 Tomato Genome ReSequencing project


Note: See for english below

Persbericht 4 juni 2012

Internationaal consortium gaat genetische diversiteit van tomaat in kaart brengen

Een internationaal consortium, geleid door Wageningen UR (University & Research centre), gaat, na de publicatie van het totale DNA van ‘de’ tomaat, het DNA van 150 verschillende types tomatenplanten in kaart brengen. Het zogenoemde “150 Tomato Genome Sequencing Project” zal een goed beeld geven van de genetische diversiteit van tomaat, het wereldwijd belangrijkste groentegewas. Het project beoogt ook de genetische code te vinden van belangrijke eigenschappen die wellicht in het verleden verloren zijn gegaan, zoals bepaalde smaakstoffen, resistentie tegen ziektes en plagen en de productie van bepaalde gezondheidsbevorderende stoffen. Met de nieuwe DNA-kennis, kunnen plantenveredelaars sneller nieuwe tomatenlijnen ontwikkelen en kan de productie van tomaten verder verduurzaamd worden.

Tomaat is economisch gezien een van de belangrijkste gewassen voor de Nederlandse veredelingsbedrijven. De Nederlandse bedrijven zijn goed voor zo’n 30% van de wereldwijde verkoop van tomatenzaden. Die veredelingsbedrijven ontwikkelen continu nieuwe tomatenrassen die voldoen aan de laatste wensen en eisen van consumenten, telers en (detail)handelaren, zoals nieuwe vormen en smaken en resistentie tegen ziekten en plagen. Op die manier zorgen de veredelingsbedrijven er bijvoorbeeld voor dat de Nederlandse tomatentelers de meest innovatieve en milieuvriendelijke producenten van tomaat zijn.

Er bestaan duizenden moderne tomatenrassen. En toch bevatten die rassen samen maar een klein deel van de wereldwijd beschikbare genetische diversiteit in tomaat. Bij de ontwikkeling van tomatenrassen kan namelijk onmogelijk tegelijkertijd op álle eigenschappen veredeld worden. De afgelopen honderd jaar is daarom veredeld op een beperkt aantal eigenschappen, waaronder  opbrengst en smaak. Daardoor is een deel van de genetische variatie, die vandaag de dag juist nuttig kan zijn, verloren gegaan. Daarbij gaat het bijvoorbeeld  om genen voor bijzondere smaak, voor de aanpassing tegen extreme klimaatomstandigheden, en voor de productie van bijzondere inhoudsstoffen die de gezondheid kunnen bevorderen.

Daarom is het belangrijk om de totale genetische diversiteit tomaat in kaart te brengen. In het 150 tomaten genoom project zullen 84 van de 150 tomatentypes onderzocht worden via zogenaamde ‘genome resequencing’. Zo maken de onderzoekers een heel precieze catalogus van de genen die in die 84 types aanwezig zijn. De onderzoekers hebben de 84 types zijn zó gekozen dat ze de totale genetische variatie vertegenwoordigen: 10 oude rassen, 40 landrassen en 30 wilde verwanten. Deze types bevatten bijvoorbeeld ronde tomaten, cherry tomaten en vlees tomaten.

De oude rassen komen uit de vijftiger en zestiger jaren van de vorige eeuw en zijn de voorouders van de tomatenrassen die nu op de markt zijn. De landrassen zijn afkomstig van de hele wereld: vanuit regio’s met bijzonder milieuomstandigheden maar ook uit genenbanken en grote amateurcollecties. De 30 wilde verwanten zijn geselecteerd uit gebieden met uiteenlopende klimaats- en groei- omstandigheden, zoals droge, vochtige, warme en koude gebieden. De genetische variatie in die wilde verwanten kan van bijzonder belang zijn voor de ontwikkeling van nieuwe rassen die geteeld kunnen worden op marginale gronden, waardoor wellicht ook in nieuwe gebieden tomaten kunnen worden geteeld.

Naast de gedetailleerde analyse van de genoemde 84 types, zal het DNA van nog eens zo’n 60 types zó bestudeerd worden dat de onderzoekers meer inzicht krijgen in de processen die een rol spelen bij de veredeling van tomaten. Met deze kennis kunnen de onderzoekers veredelingsstrategieën ontwikkelen waardoor veredeling in de toekomst op een slimmere en snellere manier kan worden uitgevoerd.

Door de nieuwe kennis uit het “150 Tomato Genome Squencing Project” kunnen unieke nieuwe rassen ontwikkeld worden met bijvoorbeeld weerstand tegen ziekten en plagen, bijzondere smaak en een hoog gehalte aan gezondheidsbevorderende stoffen. Daarnaast kunnen nieuwe rassen sneller en dus goedkoper ontwikkeld worden.

Het “150 Tomato Genome Squencing Project” is een Chinees-Nederlandse samenwerking. Het Chinese deel van het project wordt gefinancierd door  het Beijing Genomics Institute (BGI Shenzhen). Het Nederlandse deel van het project wordt gefinancierd door het TTI Groene Genetica (TTI-GG), Nederlandse en internationale veredelingsbedrijfsleven en het ministerie van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie (EL&I). Het Nederlandse deel van het project wordt uitgevoerd door Wageningen UR.
--------------------------
Noot voor de redactie:

Verdere informatie: Erik Toussaint, persvoorlichter, 06 51 56 59 49

 

Press Release 4 June 2012

An international consortium, led by Wageningen UR, with partners from industry, government and science, have started to sequence the DNA of 150 tomato plants. The aim of the so-called 150 Tomato Genome Sequencing project is to reveal and explore the genetic diversity available in tomato. The project will unlock important traits that are lost during domestication of the ancestors, for example resistance against pathogens, taste and health improving compounds. The project will thus help to make food production more sustainable. It will also help to reduce the time needed to develop new tomato lines.

Tomato is economically one of the most important crop species for the Dutch breeding industry, and is one the most important vegetables globally. The seed companies involved in this project cover 30 % of the global seed market for tomato. Seed companies need to continuously develop new tomato lines to match the changing preferences of consumers or to combat new tomato pathogens.

The pool of modern tomato lines contains only a small percentage of the genetic diversity of tomato available in nature, because breeding and selection in the past 100 years was targeted at a limited number of desirable traits, such as yield. Potentially interesting genetic variation may have been lost during this process. This loss may include genes for good taste, genes for health beneficial compounds, resistance against pests and diseases, and genes for adaptation to harsh climatic conditions.

To develop new commercial breeding lines, it is necessary to explore unused genetic diversity from tomato and its close relatives. This new project will use so-called whole-genome resequencing as a strategy to develop a high-resolution catalogue containing genetic diversity from 84 tomato types. These 84 tomato types have been selected to represent the maximum range of expected genetic diversity. The genetic diversity catalogue will be constructed using resequencing data from 10 old tomato varieties, 44 tomato land races and 30 close relatives of tomato. The 10 old tomato varieties date back to the fifties and sixties of the last century and represent the ancestors of modern tomato breeding lines. The 44 tomato land races have been obtained from collections worldwide and include plants adapted to local environments, plants stored in gene banks since the beginning of the last century, and very old accessions which have been maintained by enthusiasts. The 30 close relatives of tomato are naturally occurring in the wild and include varieties that grow in harsh environments such as very dry (desert), very humid (forest areas), or very cold (high mountains). Genetic diversity from these tomato relatives can be valuable for breeding tomato lines for marginal regions, and thus contributing to global food security. In addition to the 84 tomato types, 60 plants of a breeding population will be sequenced at “low depth”. These plants will be used to study aspects of the breeding process in detail. The interest for sequencing these plants is to develop strategies on how to efficiently breed new lines using the genetic diversity identified in the 84 tomato types.

The value of the tomato genome-sequencing project is that it will unlock traits that are lost during domestication of the ancestors, for example resistance genes against pathogens, or taste and health improving compounds. It will also reveal how traits are transferred from parents to offspring, and this will help to reduce the time needed to develop novel tomato lines.
The 150 Tomato Genome Sequencing project is a Sino-Dutch collaboration of which the Chinese part is funded and executed by the Beijing Genomics Institute (BGI Shenzhen). The Dutch part is funded by the Technological Top institute Green Genetics (TTI-GG), international breeding industry, and the Dutch Ministry of Economic Affairs, Agriculture and Innovation.
--------------------------
Note for the editors:
Further information: Erik Toussaint, +31 6 51 56 59 49